Las exposiciones permanentes son la columna vertebral del Museo. En ellas se exhibe aproximadamente un 12% de la colección total de patrimonio material que custodia el Museo. Estas cuentan con una museografía de estándar global disponible para todos los chilenos y una amplia política de gratuidad para público nacional. Las exposiciones permanentes presentan piezas de arte de los pueblos que habitaron y aún habitan América, y se dividen según áreas culturales: Estas son“América precolombina en el arte” y “Chile antes de Chile”.